根據主要幾項生物安全柜G際標準的規定，安全柜可分為一級、二級和三級三大類以滿足不同的生物研究和防疫要求。安全柜的分類級別與生物安全等級無關。

一級生物安全柜可保護工作人員和環境而不保護樣品。氣流原理和實驗室通風櫥一樣，不同之處在于排氣口安裝有HEPA過濾器。所有類型的生物安全柜都在排氣和進氣口使用HEPA過濾器。一級生物安全柜本身無風機，依賴外接通風管中的風機帶動氣流，由于不能保護柜內產品，目前已較少使用。

二級生物安全柜是目前應用**為廣泛的柜型。按照NSF49的中的規定，二級生物安全柜依照入口氣流風速、排氣方式和循環方式可分為4個級別：A1型，A2型(原B3型),B1型和B2型。所有的二級生物安全柜都可提供工作人員、環境和產品的保護。

三級生物安全柜是為3-4級實驗室生物安全等級而設計的，柜體完全氣密，工作人員通過連接在柜體的手套進行操作，俗稱手套箱(Glove box)，試驗品通過雙門的傳遞箱進出安全柜以確保不受污染，適用于高風險的生物試驗。